Sono due prodotti profondamente diversi, accomunati solo dalla tecnica di produzione. Il tonno rosso (Thunnus thynnus) dà una bottarga dal colore rosso-arancio scuro, dal sapore intenso, carnoso e ricco di umami, con una consistenza compatta e densa. È prodotta prevalentemente in Sicilia ed è la scelta ideale per condire pasta e piatti strutturati. Il prezzo è più elevato, proporzionale alla rarità della materia prima e alla complessità della lavorazione.
La bottarga di muggine (Mugil cephalus, il cefalo) ha invece un colore giallo ambra, un sapore più delicato, sapido e leggermente amarognolo, una consistenza più morbida. È prodotta prevalentemente in Sardegna — Cabras in testa — ed è più adatta ad abbinamenti delicati, su tartine, pane burro o come finitura leggera.
La bottarga di tonno rosso è la scelta di chi cerca un sapore più complesso e una materia prima più rara. La bottarga di muggine ha una tradizione gastronomica altrettanto nobile, ma un profilo più accessibile e un prezzo generalmente inferiore.